本方在眼科的临床运用有三：一是治少阳目赤睛痛;二是用于气虚胃弱，少阳升发无力，黑睛翳障留连;三是三焦失枢，玄府郁闭，目暗昏矇。
目赤肿痛是眼病的常见症状。多为外邪侵袭，经脉不利，气血壅阻所致。《伤寒论》中即有“少阳中风，两耳无所闻，目赤，胸中满而烦者……”，此为邪热郁于少阳经，胆火上炎，清窍壅滞。用小柴胡汤酌加疏风清热之药，和解少阳，清利头目，调畅气机，则赤肿迅即清散。
眼科五轮辨证，黑睛属风轮，内应于肝。黑睛疾患多与肝胆相关。其因于风火上炎、湿热蕴蒸者固多，但气虚胃弱，少阳升发无力，致生星翳膜障者，亦不鲜见。更有过用寒凉，伐生生之气，脾胃受伤，肝胆郁结者，每致目赤睛痛之患，翳凝陷下之忧。邪毒留连，久不平复。治用小柴胡汤加羌活、防风、川芎、白芷调中和胃，益气举陷，殊有效验。
小柴胡汤在内眼疾病的用途亦多。临床上对于部分急性充血性青光眼、中心性渗出性脉络膜视网膜病变，视神经乳头炎等，笔者常用小柴胡汤加枸杞、生地、蒺藜、菟丝子、羌活等药，运旋枢机，开通玄府，敷布精微，而获效验。
验案：王某，男，28岁，教师。1987年5月8日初诊。患者左眼自觉有黑影遮挡，视力减退7天。发病前因工作操劳，精力不支，渐觉眼球疲劳，左眼视物模糊，视直如曲。某医院眼科诊断为“中心性渗出性脉络膜视网膜病变”，用西药治疗，收效甚微。患者目昏，心烦，胸闷，纳差。舌质淡，苔白微腻，脉弦缓。检查：视力右眼1.0，左眼0.5。左眼外部正常，屈光间质清晰，视乳头色泽正常，边界清楚。黄斑部水肿，有椭圆形反光晕轮，中心凹光反射消失。诊断为“中浆”。中医辨证为脾胃虚弱，三焦失枢，气液郁积。当以开通玄府、运利水津为要，予小柴胡汤加减，使“上焦得通，津液得下，胃气因和。”
药用：柴胡12克，党参15克，黄芩、法半夏、苍术、茯苓各10克，甘草6克。水煎服，4剂。用药后视力好转，右眼1.0，右眼0.9。前方加肉桂（研服）、黄芪各10克，继服5剂。视力右1.2，左1.0，眼底基本正常。予杞菊地黄丸与补中益气丸，交替服用1月，以巩固疗效。随防2年，未再复发。
